近年來,，醫(yī)院已獲各級課題資助142項,，包括國家自然科學(xué)基金、國家“十一五”科技支撐計劃,、衛(wèi)生部科學(xué)研究基金——福建省衛(wèi)生教育聯(lián)合攻關(guān)項目,、中國博士后基金等。獲省部級,、市各級科技進步獎7項,，包括教育部科技進步一等獎、解放軍科技進步二等獎,、省科技進步二等獎等,，并3次獲得廈門市科技進步一等獎。發(fā)表SCI論文50余篇,，主編或參編高等醫(yī)學(xué)教材或?qū)Ｖ?0余部,。
醫(yī)院設(shè)有中心實驗室，心臟介入研究室,、高血壓研究室,、顯微外科研究室、神經(jīng)病學(xué)研究室,、腫瘤研究室等20多個臨床研究室,。此外，與廈門大學(xué)共建“福建省神經(jīng)系統(tǒng)疾病重點實驗室”,、“廈門市代謝性疾病重點實驗室”等研究機構(gòu),。2006年通過國家人事部審批，設(shè)立博士后工作站,。
2009年,，經(jīng)衛(wèi)生部和國家食品藥品監(jiān)督管理局批準(zhǔn)，心血管、內(nèi)分泌,、神經(jīng)內(nèi)科,、神經(jīng)外科、腎病,、風(fēng)濕免疫,、醫(yī)學(xué)影像（核醫(yī)學(xué)）、糖尿病等8個專業(yè)獲得國家藥物臨床試驗資格,，第二批19個專業(yè)正在積極申報中,。2010年，檢驗科通過國際標(biāo)準(zhǔn)ISO15189醫(yī)學(xué)實驗室質(zhì)量與能力認(rèn)可,。
廈門市心血管病研究所,、廈門市糖尿病研究所設(shè)在我院。神經(jīng)內(nèi)科與廈門大學(xué)生物醫(yī)學(xué)研究院共建“福建省神經(jīng)系統(tǒng)疾病重點實驗室”,，糖尿病研究所與廈門大學(xué)生物醫(yī)學(xué)研究所共建“廈門市代謝性疾病重點實驗室”,。醫(yī)院投資上千萬元設(shè)備建成先進的中心實驗室、心臟介入實驗室,、高血壓研究室,、腫瘤研究室等20多個臨床實驗室近兩年獲各級課題立項100余項，發(fā)表SCI論文40余篇,，均居廈門市衛(wèi)生系統(tǒng)首位其中國家自然科學(xué)基金1項,，“十一五”國家科技支撐1項。三次獲得廈門市科技進步一等獎,，是廈門市獲得科技進步一等獎唯一醫(yī)療衛(wèi)生單位,。心血管、內(nèi)分泌,、神級內(nèi)科,、神級外科、腎病,、風(fēng)濕免疫,、醫(yī)學(xué)影像（核醫(yī)學(xué)）、中西醫(yī)結(jié)合糖尿病等8個專業(yè)獲得“藥物臨床試驗機構(gòu)”資格,，成為福建地市級醫(yī)院首家擁有該資格的醫(yī)療機構(gòu),。
1991年皮膚科專家張益珠《波氏假性霧樣真菌致皮膚肉芽腫—附電鏡觀察》獲廈門市科技進步一等獎
2006年獲得人事部批準(zhǔn)設(shè)立博士后工作站，3位研究人員獲得中國博士后科學(xué)基金面上資助,。
2006年《肝門部膽管周圍血管叢形態(tài)學(xué)改變對肝門部膽管及肝臟影響實驗研究》獲市科技進步一等獎
2008年《胃癌生長方式,、臨床病理特征的分子基礎(chǔ)研究》獲市科技進步一等獎
獲得藥物臨床試驗機構(gòu)資格，成為福建省地市級醫(yī)院首家擁有該項資格的醫(yī)療機構(gòu),。
