醫(yī)院已建設(shè)省,、市級科研平臺35個,，其中6個省級平臺（三家福建省臨床醫(yī)學(xué)研究中心均獲得國家臨床醫(yī)學(xué)研究中心福建分中心認定），獲批23個市級科研平臺,，6個廈門大學(xué)院級研究所,。獲批廈門市唯一的細胞治療研究中心，獲批成立市首家臨床醫(yī)學(xué)研究院,，獲批首批省市級臨床醫(yī)學(xué)研究中心且獲批數(shù)為廈門首位,。已在國家藥品監(jiān)督管理局備案23個藥物臨床試驗專業(yè)、37個醫(yī)療器械臨床試驗專業(yè),、5個特殊醫(yī)學(xué)配方食品專業(yè),。目前共獲得國家、省,、市級課題1357項立項,，其中國家自然科學(xué)基金215項，國家社會科學(xué)基金項目1項,，國科金立項總數(shù)位居廈門市醫(yī)療系統(tǒng)首位,。2024年，30項國科金立項數(shù)占據(jù)廈門市衛(wèi)生系統(tǒng)的半壁江山以上,，學(xué)術(shù)影響力不斷提高,。“抗腫瘤新藥臨床評價技術(shù)示范性平臺”獲國家科技重大專項課題立項,，是省醫(yī)療機構(gòu)首次獲得的國家科技重大專項課題,。連續(xù)3年全國GCP機構(gòu)藥物臨床試驗量值排行榜綜合醫(yī)院榜前40名，福建省內(nèi)排名第一,，獲批仿制藥一致性評價項目數(shù)量全國排名第十,。共獲各級各類科學(xué)技術(shù)獎91項，其中獲市科技重大貢獻獎2項,，市科技進步一等獎9項,，市科技創(chuàng)新杰出人才獎5項。2014年-2023年SCI論文數(shù)連續(xù)10年突破100篇,，2020年以來每年SCI論文數(shù)均超過200篇,，目前單篇影響因子最高87.244。
醫(yī)院自2006年設(shè)立福建省地市級醫(yī)院首家博士后工作站,，迄今已培養(yǎng)出站博士后72人,，現(xiàn)有在站博士后30人。連續(xù)兩屆獲評“國家優(yōu)秀博士后科研工作站”,，開展臨床博士后培養(yǎng)復(fù)合型人才,。2024年4月,，經(jīng)人力資源和社會保障部、全國博士后管委會辦公室批準,，廈門大學(xué)附屬第一醫(yī)院獲批成為有獨立招收資質(zhì)的博士后科研工作站,，人才培養(yǎng)與科技創(chuàng)新工作有望再創(chuàng)高峰。
